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Chamada de Trabalhos DBBio - 2017
Publicado em: 27/09/2019,14:57
Workshop Databases meet Bioinformatics Realizado em Conjunto com o Simpósio Brasileiro de Banco de Dados http://www.sbc.org.br/sbbd/2017/dbbio Coordenadora: Kary Ocaña (LNCC) Nos últimos anos, tem havido uma revolução no modo como a pesquisa em biologia é realizada. Tais pesquisas são impulsionadas principalmente pelo uso intensivo de recursos computacionais. Esta área de pesquisa da biologia que depende de recursos computacionais é chamada de bioinformática, que aplica métodos quantitativos para a análise de sistemas biológicos. Como uma das grandes questões da biologia é decifrar a informação genômica do ser humano (ou de qualquer organismo), os biólogos podem trabalhar com vários tipos de dados que são coletados sistematicamente de toda a comunidade de pesquisa biológica. Desta maneira, podem ser construídos modelos que expliquem como os genes trabalham juntos em cada genoma ou inferir as funções bioquímicas que realizam. Novos métodos laboratoriais de alto rendimento, tais como o microarranjos de DNA ou o Sequenciamento de Nova Geração (NGS), produzem vários formatos de dados genômicos e grandes matrizes de valores que descrevem os níveis de expressão gênica, interações proteína-proteína e outras informações sobre como genes e proteínas interagem na vida celular. A pesquisa biológica tornou as estratégias de integração de dados cruciais para os avanços e descobertas em uma infinidade de campos como a genômica, proteômica, metagenômica, transcriptômica, metabolômica, ciências ambientais e pesquisas clínicas. A bioinformática, relacionada ao armazenamento de dados e a análise de sequências do genoma, precisa que abordagens computacionais sejam incluídas no desenvolvimento da pesquisa biológica, melhorando a automação, coleta e a mineração de dados. Este fato pode levar à descoberta de novos modelos sobre funções de sistemas biológicos e da vida evolutiva das espécies. O compartilhamento, integração e anotação de dados são essenciais para assegurar a reprodutibilidade das análises e a interpretação dos resultados experimentais. Logo, os bioinformatas e cientistas da computação têm de somar experiências e interagir com biólogos experimentais para permitir a integração de dados como um sistema biológico. Este é um aspecto chave que contribui para o sucesso e as futuras orientações na investigação multidisciplinar. Por exemplo, os bioinformatas devem representar dados de vários sistemas ou bases de dados biológicas; por outro lado, realizar consultas complexas sobre esses dados pode ser apoiado por especialistas em bancos de dados. De fato, as técnicas de banco de dados existentes e relevantes aplicadas às pesquisas na bioinformática podem incluir um modelo de dados rigoroso, otimização baseada em custo, linguagens de consulta declarativa, independência de dados físicos e lógicos, os quais devem ser aplicados a novos tipos de dados biológicos a serem gerados por biólogos moleculares. Mas muitas dessas técnicas têm sido apenas minimamente exploradas na comunidade da bioinformática. No Brasil, existem várias iniciativas para fomentar a bioinformática, como a Rede Brasileira de Bioinformática (RNBio), criada em janeiro de 2014 como resultado de um Programa de Estruturação do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação e Telecomunicações (MCTIC) destinado a fortalecer pesquisas envolvendo o uso da bioinformática no Brasil. A missão da rede RNBio é fomentar o desenvolvimento de projetos de pesquisa em diversas áreas da biologia computacional, por exemplo, em estudos envolvendo sequenciamento de genomas, análise de transcriptômica e proteômica, biologia de sistemas e estudos de interactoma. Os requisitos emergentes das aplicações de bioinformática oferecem novas oportunidades de acoplamento de pesquisas sendo realizadas pelas comunidades de banco de dados e de bioinformática, brasileira e internacional. TÓPICOS DE INTERESSE Os tópicos de interesse do SBBD DBBio incluem (mas não estão limitados a) os listados a seguir: Fundamentação e aplicação prática para a integração de Bioinformática e Banco de Dados; Modelagem, implementação e integração de bancos de dados biológicos; Suporte computacional guiado por dados em áreas da Bioinformática da como análise de sequências, montagem de genomas, metagenômica, transcriptômica, metabolômica, proteômica, filogenômica, bioinformática estrutural e processamento de informações para análise estatística; Modelos de dados para Bioinformática; Integração de dados em Bioinformática; Bancos de dados distribuídos em Bioinformática; e Técnicas de Web semântica aplicadas em Bioinformática. SUBMISSÕES Serão aceitas submissões no formato da SBC (http://www.sbc.org.br/documentos-da-sbc/category/169-templates-para-artigos-e-capitulos-de-livros): artigos técnicos completos, escritos em português, inglês ou espanhol, ter entre seis (6) páginas e oito (8) páginas e serem submetidos via JEMS (https://jems.sbc.org.br/). Todas as submissões serão revisadas de acordo com os seguintes critérios: adequação ao escopo do workshop, relevância, qualidade técnica, originalidade e clareza. Artigos que descrevam trabalhos preliminares e em andamento também poderão ser submetidos. Resultados são desejáveis, mas não necessários. Os artigos devem possuir uma seção descrevendo trabalhos relacionados. Os artigos serão revisados por pares, e a publicação dos trabalhos aceitos é condicional à inscrição no SBBD e a apresentação oral de um dos autores durante o workshop. DATAS IMPORTANTES Prazo final para a submissão de trabalhos: 15-julho-2017 Notificação preliminar de aceitação com sugestão de correções: 16-agosto-2017 Prazo para entrega da versão final: 23-agosto-2017 Workshop DBBio a ser realizado junto ao SBBD 2017: 02 e 05 de Outubro de 2017. Uberlândia, MG * Serão incluídos na programação definitiva e publicados apenas os trabalhos com versão final entregue, pelo menos um coautor já inscrito no evento e com termo de cessão de direitos à SBC devidamente assinado. COORDENAÇÃO Kary Ocaña LNCC/RJ (karyann@lncc.br) - coordenadora principal COMITÊ DE PROGRAMA (em formação) Alexandre Lima (COPPE/UFRJ) Ary Henrique Oliveira (UFT) Daniel de Oliveira (UFF) Fabio Andre Porto (LNCC) Fernanda Baião (UNIRIO) Fernanda Campos (UFJF) Glauber Wagner (UFSC) Guilherme Loss (LNCC) Helena Cristina Gama Leitão (UFF) Jonas Dias (EMC Corporation) Joseane Biso de Carvalho (LNCC) Kary Ocaña (LNCC), chair Luiz M. R. Gadelha Jr. (LNCC) Marcos Catanho (FIOCRUZ) Marta Mattoso (COPPE/UFRJ) Regina Braga (UFJF) Sergio Lifschitz (PUC-Rio) Sergio Manuel Serra da Cruz (UFRRJ)
