EVENTO
Desenvolvimento e Validação de novos Métodos de distribuição da População inicial em Algoritmos Genéticos para o problema de Docking Proteína-Ligante
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
Os métodos de docking proteína-ligante, são métodos computacionais usados para predizer o modo de ligação de moléculas candidatas a fármaco em seu receptor. O docking permite o teste de centenas de compostos em um curto espaço de tempo, auxiliando na descoberta de novos candidatos a fármacos. A grande complexidade que envolve a ligação do complexo ligante-proteína, torna o problema de docking difícil de ser resolvido computacionalmente.Neste trabalho, são usados Algoritmos Genéticos, que são uma técnica de otimização baseada na teoria da evolução de Darwin. O algoritmo foi proposto e testado para um conjunto teste de 5 ligantes da proteína HIV-1 protease, por Camila S. de Magalhães, em sua tese de doutorado. Como um primeiro objetivo para este trabalho, o algoritmo foi testado com um conjunto mais amplo e diversificado de ligantes, totalizando 50 complexos. Os resultados com uma distribuição de Cauchy da população inicial no centro da rede mostraram uma forte dependência deste algoritmo do centro, visto os seus melhores resultados comparados com uma distribuição aleatória em qualquer região dentro da grade. No desenho racional de fármacos real, não possuímos a estrutura do ligante e não sabemos como este se encaixa no sítio ativo da proteína. Um algoritmo eficaz seria aquele que encontrasse boas conformações em qualquer parte da grade. Foram então propostas três metodologias de distribuição da população inicial fora do centro da grade, para o algoritmo encontrar boas conformações em qualquer ponto, e não somente no centro, levando-o a trabalhar com ligantes que se encaixam em sítios que não estão totalmente no centro da grade.
Data Início: 10/04/2008 Hora: 10:00 Data Fim: 10/04/2008 Hora: 13:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Reinaldo Bellini Gonçalves - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCc
Orientador: Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Carlos Cristiano Hasenclever Borges - Universidade Federal de Juiz de Fora - UFJF Ernesto Raul Caffarena - PROCC - FIOCRUZ/RJ Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI
Suplente Banca Examinadora: Eduardo Lúcio Mendes Garcia - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Paulo Mascarello Bisch - Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ