EVENTO
Desenvolvimento de Estratégias para uso de Mapa de Contatos em Problemas de Predição De Novo de Estruturas de Proteínas.
Tipo de evento: Defesa de Tese de Doutorado
A predição de estrutura de proteínas (PSP) é um dos escopos mais importantes da biologia molecular computacional e possui como objetivo determinar a estrutura tridimensional de proteínas a partir de suas sequências de aminoácidos. A cada dois anos, desde 1994, o estado da arte da predição de estrutura de proteínas é avaliado em um dos mais importantes eventos na área, o CASP (The Critical Assessment of Protein Structure Prediction). Em suas últimas edições (CASP 10, 11 e 12), o uso de mapas de contatos de proteínas em problemas de PSP mostrou ser uma estratégia promissora para obtenção de modelos de proteínas cada vez mais precisos. O objetivo científico desse trabalho está associado com a análise das informações extraídas de mapas de contatos de proteínas e o desenvolvimento de estratégias para PSP utilizando essas informações. Nesse contexto, foi desenvolvido e implementado na função de aptidão do algoritmo genético do programa GAPF (do inglês Genetic Algorithm for Protein Folding) um novo potencial que trata os contatos resíduo-resíduo presentes no mapa sob a forma de restrições de distância estrutural (chamado de Potencial de Contatos). Para avaliar o potencial desenvolvido foram usados (i) mapas de contatos nativos, isto é, extraídos diretamente da estrutura tridimensional determinada para a proteína alvo, e (ii) mapas de contatos preditos pelos programas de predição de contatos MetaPSICOV e RaptorX-Contact. O Potencial de Contatos foi inicialmente testado em um conjunto de seis proteínas e as análises dos resultados indicam que seu uso promove importantes melhorias na qualidade estrutural dos modelos preditos pelo programa GAPF. Por exemplo, o uso de tais restrições permitiu a redução de 7,32Å no valor de RMSD (com relação à estrutura determinada experimentalmente) e aumento de 35,28% no valor de GDT-TS (métricas comumente usadas para avaliação dos modelos gerados) para o melhor modelo predito para a proteína T0820-D1 em comparação ao melhor resultado obtido usando a função de aptidão padrão do GAPF. Dessa forma, confirma-se que o uso de mapas de contatos, sob a forma de restrições de distância, é uma estratégia útil e eficiente para metodologias que utilizam abordagens De Novo de PSP.
Data Início: 20/06/2018 Hora: 10:00 Data Fim: 20/06/2018 Hora: 13:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Karina Baptista dos Santos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Co-Orientador: Fábio Lima Custódio - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Orientador: Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Helio José Corrêa Barbosa - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC/MCTI Laurent Emmanuel Dardenne - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Paulo Mascarello Bisch - Universidade Federal do Rio de Janeiro - IBCCF/UFRJ Roberto Dias Lins Neto - FIOCRUZ -
Suplente Banca Examinadora: Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Pedro Geraldo Pascutti - Universidade Federal do Rio de Janeiro - IBCCF/UFRJ
