LNCC

CURSO CBAB/CABBIO 2012: FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS TRANSCRIPTÔMICAS E METAGENÔMICAS

Tipo de evento:
Congresso

Arquivo(s):
Formulário a (pdf editável)

Arquivo(s):
Formulário b (pdf editável)

O presente curso oferecido pelo CBAB/CABBIO é realizado em nível de pós-graduação com carga horária de 80 horas/aula (32 horas teóricas e 48 horas práticas em computadores)

REQUISITOS BÁSICOS PARA PARTICIPAR DO CURSO (público alvo):
Nível de instrução acadêmica: pós-graduandos, pós-doutorandos ou pesquisadores.
Atuação profissional do candidato: Genética, Genômica, Biotecnologia, Bioinformática ou áreas afins.

RESULTADO DOS CANDIDATOS SELECIONADOS:

Os participantes brasileiros abaixo relacionados deverão CONFIRMAR PRESENÇA por email para Marisa F. Nicolas marisa@lncc.br ATÉ O DIA 12/JUNHO/2011, sem o que o mesmo será automaticamente substituído por outro candidato.

Agradecemos a todos os inscritos pelo interesse no curso. Gostaríamos de ressaltar que a seleção foi muito difícil devido à grande quantidade de inscrições e o alto nível acadêmico dos participantes.
Comite Organizador

CANDIDATOS COM CUSTEIO INSTITUIÇÃO REGIÃO

> Amanda Ferreira da Silva Mendes UESC Nordeste
> Carolina Neves Correia UFPe Nordeste
> Felipe Alves da Louza ICM-USP Sudeste
> Frank Guzman Escudero UFRGS Sul
> Gustavo H Feffero Klabunde UFSC Sul
> Higo Forlan Amaral IAPAR Sul
> João Ronaldo Tavares de Vasconcellos Neto UEFS Nordeste
> Márlon Grégori Flores Custódio Fiocruz RO Norte
> Patrícia de Sousa Lima UFG Centro-Oeste
> Vívian de Jesus Miranda UCB Centro-Oeste

CANDIDATOS SEM CUSTEIO INSTITUIÇÃO REGIÃO

> Ana Kleiber Pessoa Borges UFT Norte
> Arthur Fernandes Siqueira UEL Sul
> Bruna Renata Silva Correa USP Sudeste
> Claudio benício Cardoso da Silva UNICAMP Sudeste
> Daniel Kumazawa Morais UFV Sudeste
> Elisa Catão Caldeira Pires UNB Centro-Oeste
> Gabriel Marcos Domingues de Souza UEL Sul
> Gregório Kappaun Rocha LNCC Sudeste
> Janaina Cruz Pereira UFCe Nordeste
> Juliana Velasco de Castro Oliveira USP Sudeste
> Juliana Forte Mazzeu de Araújo UCB Centro-Oeste
> Kary Ann del Carmen Soriano Ocaña COPPE UFRJ Sudeste
> Kyria Santiago do Nascimento UFCe Nordeste
> Marco Antonio Bacellar Barreiros UFPR Sul
> Mariana Cicarelli Cia ESALQ/USP Sudeste
> Poliene Martins Costa ESALQ/USP Sudeste
> Priscilla de Barros Rossetto UFRJ Sudeste
> Richardson Silva Lima Embrapa cnpae Centro-Oeste
> Rosane Silva UFRJ Sudeste
> Talles Eduardo F Maciel UFV Sudeste
> Thiago Jonas Nakayama UFV Sudeste
> Thiago Luiz de Paula Castro UFMG Sudeste

PROGRAMA

Programa de aulas teóricas (32 horas-aula)

Seção Introdutória

1- Introdução às técnicas de sequenciamento de DNA de segunda e terceira gerações - 1 hora - Ricardo Henrique Kruger Universidade de Brasília

2- Plataforma SOLiD: Aplicações de sequenciamento em larga escala 1 hora - Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ

3- Algoritmo de alinhamento de sequencias 2 horas - Maria Emília Machado Telles Walter Universidade de Brasília

4- Agrupamentos de genes homólogos 1 hora J. Miguel Ortega UFMG

5- Bases de dados de genes ortólogos e aplicações - 1 hora - Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília

6- Criação de agrupamento de ortólogos e aplicações - 1 hora - Rafael L M Guedes UFMG

7- Mineração de texto e construção de redes regulatórias - 1 hora - J. Miguel Ortega UFMG

8- Como utilizar o banco de dados UniProt/Swiss-Prot na anotação de alta qualidade de sequências -1 hora Luiz Fernando Goda Zuleta LNCC

Seção Transcriptômica

1- Introdução ao estudo do RNA - 1 hora - Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ

2- Construção de bibliotecas de cDNA para abordagens de RNA-seq 1 hora Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ

3- RNA-seq: processamento inicial das sequências, mapeamento e quantificação dos genes expressos 2 horas Pedro A F Galante Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer

4- Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e de classificação 4 horas Roney S Coimbra CEBiO/FIOCRUZ

5- Aplicações das técnicas de sequenciamento de alto desempenho aos estudos de transcriptomas de tripanossomatideos 1 hora - Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ

6- Análise da expressão gênica diferencial por RNA-seq e caracterização de microRNAs 2 horas Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo Instituto Butantan

Seção Metagenômica

1- Introdução e abordagem ao estudo de metagenomas - 2 horas - Fernando Gomes Barcellos Universidade Paranaense UNIPAR

2- Estratégias para a obtenção de DNA metagenômico, construção de bibliotecas e posterior seleção funcional de genes 2 horas Alinne Castro Universidade de Brasília

3-Ferramentas de bioinformática aplicadas em análises de sequências metagenômicas 1 hora Mauricio Egídio Cantão Embrapa Suínos e Aves

4- Aplicações das técnicas de sequenciamento de alto desempenho aos estudos de ecologia microbiana e metagenômica - 1 hora - Ricardo Henrique Kruger Universidade de Brasília

5- Resistomas bacterianos: importância, situação atual e perspectivas 2 horas - Cláudio Galuppo Diniz ICB/Universidade Federal de Juiz de Fora

6- Exploração e prospecção de dados metagenômicos de solos agronômicos argentinos 2 Martín Vazquez INDEAR/Argentina

7- Metagenoma de solos sob os sistemas de manejo de plantio direto e plantio convencional em rotação ou sucessão de culturas 2 horas Mariangela Hungria Embrapa Soja

Programa de aulas práticas (48 horas-aula)

As aulas práticas serão desenvolvidas com aplicações de ferramentas de bioinformática e bancos de dados biológicos para as análises de sequências metagenômicas e transcriptômicas.

Seção Introdutória

1- Introdução ao Sistema Operacional Linux 4 horas Mauricio E. Cantão e Nicholas Costa Barroso Lima Embrapa Suínos e Aves e LNCC

2- Pratica de alinhamento de sequencias 2 horas Maria Emilia Machado Telles Walter Universidade de Brasília

3- Criação de grupos de homólogos com SeedServer 1 hora Rafael L M Guedes UFMG

4- Descoberta de ortólogos remotos e genes de transferência lateral com PSI-BLAST 2 horas - J. Miguel Ortega UFMG

5- Anotação funcional de proteínas dentro do banco de dados do Swiss-Prot 2 horas - Luciane Prioli Ciapina LNCC

Seção Transcriptômica

1- Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA 5 horas - Daniel Guariz Pinheiro USP/Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática

2- Análise de RNA-seq 3 horas Christian Macagnan Probst e Eduardo Lemons Francisco Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ

3- Descobrindo novos transcritos humanos com dados de RNA-seq 3 horas - Pedro A F Galante Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer

3- Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e classificação (aprendizagem de máquina) 5 horas Roney S Coimbra CEBiO/FIOCRUZ

4- Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos 2 horas - J. Miguel Ortega UFMG

Seção Metagenômica

1- Identificação de artefatos e análise de qualidade das sequências metagenômicas 2 horas Mauricio E. Cantão e Nicholas Costa Barroso Lima Embrapa Suínos e Aves e LNCC

2- Megan - Metagenome Analyzer 3 horas Mauricio E. Cantão Embrapa Suínos e Aves

3- Uso do programa Mothur para análise de amplicon 16S 4 horas Mauricio E. Cantão e Milene Ferro Embrapa Suínos e Aves e UNESP/Instituto de Biociências

4- Análise funcional de metagenomas usando a plataforma MG-RAST 5 horas Milene Ferro UNESP/Instituto de Biociências

5- Uso do programa STAMP (Statistical Analysis of Metagenomic Profiles) para análise estatística de dados metagenômicos 3 horas - Santiago Revale INDEAR/Argentina

6- Anotação funcional de metagenômica com UEKO 2 horas - Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
MECANISMO DE AVALIAÇÃO DOS ALUNOS
Os alunos serão avaliados com base na apresentação oral de seminários abordando as temáticas discutidas.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

INSCRIÇÕES

INSTRUÇÕES PARA CANDIDATOS BRASILEIROS

SUBMISSÃO DE INSCRIÇÕES

A admissão de interessados em participar do curso CBAB/CABBIO 2012 FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS TRANSCRIPTÔMICAS E METAGENÔMICAS é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário:

1 - QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA PREENCHA os formulários A e B. Sendo o FORMULARIO A aquele de inscrição do CANDIDATO e o FORMULARIO B aquele para recomendação.

2 QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA ENCAMINHE os formulários A e B preenchidos para o email marisa@lncc.br (Marisa Fabiana Nicolás), com o assunto (subject): CBAB2012.FORM [NOME DO CANDIDATO]

PROCESSO DE SELEÇÃO

A seleção de candidatos será realizada pelos organizadores do curso, juntamente com a Diretoria Brasileira da Escola e a Secretária Técnica do CBAB.

Durante a seleção, os seguintes critérios serão considerados:
-Estrita obediência ao calendário de inscrições;
-Atendimento aos requisitos informados no calendário de cursos;
-Distribuição geográfica e institucional;
-Necessidade de treinamento de recursos humanos em grupos de pesquisa emergentes na área de cada curso;
- Atuação profissional do candidato; e
-Formação básica e específica, mediante consulta na Plataforma Lattes do CNPq.

BENEFÍCIOS CONCEDIDOS

Para os alunos selecionados com custeio (até 10 brasileiros), não residentes em Petrópolis, serão financiados traslado e diárias para alimentação e estadia em quartos duplos ou triplos.

INSTRUÇÕES PARA CANDIDATOS ARGENTINOS, URUGUAIOS, PARAGUAIOS E COLOMBIANOS

As inscrições devem ser encaminhadas ao ponto focal do país de origem do candidato:
Argentina: MINCyT - cabbio@mincyt.gov.ar
Uruguai: PEDECIBA - pedeciba@iibce.edu.uy
Paraguai: CONACyT - ciencia@conacyt.org.py
Colômbia: COLCIENCIAS - contacto@colciencias.gov.co deve-se obedecer a data-limite informada no site www.colciencias.gov.co.

PROCESSO DE SELEÇÃO
A seleção de candidatos é realizada pelos pontos focais e leva em conta os seguintes critérios:
-Estrita obediência ao calendário de inscrições;
-Atendimento aos requisitos informados no calendário de cursos;
-Distribuição geográfica e institucional;
-Necessidade de treinamento de recursos humanos em grupos de pesquisa emergentes na área de cada curso;
-Atuação profissional; e
-Formação básica e específica.

Após a seleção, os nomes dos alunos serão encaminhados às Secretárias Técnicas Brasileira e Argentina.

BENEFÍCIOS CONCEDIDOS
Para os alunos selecionados (até 4 argentinos, 2 uruguaios, 1 paraguaio, 1 colombiano) não residentes em Petrópolis, o Governo Brasileiro financia as diárias para alimentação e estadia em quartos duplos ou triplos.

Data Início: 02/07/2012
Data Fim: 13/07/2012

Coordenadores:
Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br

Instituições Envolvidas:
Centro Argentino-Brasileño de Biotecnología
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia
Laboratório Nacional de Computação Científica

Local:
Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC

Endereço:
Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil

Telefone:
55 24 22336264

Contato:
Marisa Fabiana Nicolas - marisa@lncc.br

Apoio Financeiro:
CNPq

Secretaria:
Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC

Últimas eventos

O LNCC

Coordenações

Pesquisa e Desenvolvimento

Supercomputador SDUMONT - Computação de Alto Desempenho

Programas Nacionais

Inovação

Programas Acadêmicos

Eventos

Biblioteca

Acesso à Informação

EVENTO

CURSO CBAB/CABBIO 2012: FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS TRANSCRIPTÔMICAS E METAGENÔMICAS

Principal

Acesso à Informação

Serviços

Redes Sociais

Navegação