EVENTO
CURSO CBAB 2011: FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS À ANÁLISE DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS, METAGENÔMICAS E TRANSCRIPTÔMICAS
E-mail:
marisa@lncc.br
Tipo de evento: Encontro
Arquivo(s): Formulário a
Arquivo(s): Formulário b
O presente curso oferecido pelo CBAB/CABBIO é realizado em nível de pós-graduação, em temas de interesse comum para o Brasil e a Argentina, sendo 80 horas/aula (32 horas teórico e 48 horas prático em computadores). REQUISITOS BÁSICOS PARA PARTICIPAR DO CURSO (público alvo): Nível de instrução acadêmica: pós-graduandos, pós-doutorandos ou pesquisadores.Atuação profissional do candidato: Genética, Genômica, Biotecnologia, Bioinformática ou áreas afins.Os participantes brasileiros abaixo relacionados deverão CONFIRMAR PRESENÇA por email para Marisa F. Nicolas marisa@lncc.br ATÉ O DIA 17/JUNHO/2011, sem o que o mesmo será automaticamente substituído por outro candidato.ALUNOS SELECIONADOS COM CUSTEIO:Andrei Stecca SteindorffDaiva Domenech TupinambáDaniela Martins KoopDaniele SartoriElisa KorenblumFranciele MaboniGabriela Felix PersinotiGeórgia Barguil ColaresLaura Rabelo LeiteRenato de Souza Pinto LemgruberALUNOS SELECIONADOS SEM CUSTEIO:Antonio Marcos SaraivaCarlos Roberto PrudencioCharles Campos CorrêaDaiane Cristina Ferreira GolbertEduardo Lemons FranciscoFabio Faria da MotaFernanda Alves de Freitas GuedesGuadalupe del Rosario Quispe SajiIgor Magalhães RibeiroJoão Garcia Alves FilhoJulliane Dutra MedeirosLeviston da Silveira Luciano Carlos da MaiaLuciano Takeshi KishiMaiana de Oliveira Cerqueira e CostaMaria Fernanda Ribeiro DiasMauro de Freitas OrtizPriscila Mary YuyamaRaquel Lopes CostaRoberta Kuan Tchuen de Mello LohRodrigo Matheus PereiraSilvana Pompeia do Val de MoraesAgradecemos a todos os inscritos pelo interesse no curso. Gostaríamos de ressaltar que a seleção foi muito difícil devido à grande quantidade de inscrições e o alto nível acadêmico dos participantes.Comite Organizador CBAB 201113/06/2011PERÍODO DO CURSO: 4 A 15 DE JULHOINTRODUÇÃOAs novas estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho permitem o sequenciamento e análise de milhares de fragmentos de nucleotídeos em paralelo, gerando cada vez mais dados em menor tempo e custo. Com estas tecnologias de sequenciamento de alto desempenho, os projetos de genômica têm se tornado um grande desafio para as análises de bioinformática. Para isso, novas ferramentas foram desenvolvidas e bancos específicos foram criados para tratar especificamente das características intrínsecas desses projetos. Dessa forma, com a mudança de paradigma nas análises dos dados, novos algoritmos foram desenvolvidos para tratar, analisar e classificar as sequências geradas pelas novas plataformas de sequenciamento.A metagenômica é uma abordagem genômica que se beneficiou com a chegada das novas tecnologias de sequenciamento. As novas abordagens em metagenômica consistem na aplicação de técnicas modernas de genômica para o estudo de comunidades microbianas, diretamente em seu meio ambiente natural, sem a necessidade de isolar e cultivar individualmente em laboratório as espécies. Estas novas estratégias permitiram a identificação de novos genes e proteínas de interesse biotecnológico além do melhor conhecimento da biodiversidade microbiana existente nas amostras. Ainda, as novas ferramentas de análise fornecem recursos para classificar filogeneticamente às sequências, identificar e categorizar os genes parcialmente sequenciados. Além dessas funções, é possível, por meio da metagenômica comparativa, confrontar o conjunto de dados gerados entre amostras sequenciadas em diferentes locais e condições.Por outro lado, podemos afirmar que a transcriptômica tem sido a abordagem que mais cresceu com o advento das estratégias de sequenciamento de DNA de alto desempenho. Atualmente, todas as plataformas comerciais de sequenciamento de alto desempenho podem sequenciar DNA complementar (cDNA) ao RNA mensageiro em larga escala. Essa abordagem, conhecida como RNA-seq, tem sido aplicada para o sequenciamento de transcritos, tanto de organismos procariotos quanto de eucariotos. Para a maioria das plataformas de sequenciamento, a aplicação de RNA-seq requer a disponibilidade da sequência do genoma ou então do genoma de um organismo próximo, como referencia para o alinhamento dos transcritos. No entanto, o Genome Sequencer FLX 454 (Roche) é a plataforma mais utilizada quando não se dispõe de uma sequência de genoma de referência para gerar a montagem de transcritos de novo. O Laboratório de Bioinformática (Labinfo) e a Unidade de Genômica Computacional (UGC) do LNCC estão envolvidos atualmente no desenvolvimento de projetos de genômica, metagenômica e transcriptômica em parceria com outras instituições de pesquisa e universidades. Na UGC foi instalada uma plataforma GS FLX 454 (Roche) de sequenciamento de alto desempenho onde o DNA ou cDNA é sequenciado, enquanto o Labinfo realiza as análises de bioinformática com o uso de ferramentas de bioinformática e bancos de dados específicos.O curso CBAB de 2011 consistirá de três seções: genômica, transcriptômica e metagenômica, sendo ministradas alunas teóricas e aluas práticas em computadores. PROGRAMA PRELIMINARPrograma de aulas teóricas (32 horas-aula)Seção - Aula - Tempo de Exposição DocenteSeção Genômica1-Genômica de bactérias fixadoras de nitrogênio 2 horas Mariangela Hungria;2-Genômica comparativa de procariotos 2 horas Marie-Anne Van Sluys;3-Introdução às técnicas de sequenciamento de DNA de segunda e terceira gerações - 1 hora - Ricardo Henrique Kruger;4-Plataforma GS FLX 454: Aplicações de pirosequenciamento 1 hora - Marisa Fabiana Nicolás5-Plataforma SOLiD: Aplicações de sequenciamento em larga escala 1 hora - Christian Probst;6-Aplicações das técnicas de sequenciamento de alto desempenho aos estudos genômicos de tripanossomatideos 2 horas - Christian Probst;7-Montagem de sequencias genômicas 2 horas - Luiz Gonzaga Paula de Almeida;8-Agrupamentos de genes homólogos e aplicações 2 horas Miguel Ortega;9-Mineração de texto e criação de bases de dados 2 horas - Miguel Ortega; 10-Como utilizar o banco de dados UniProt/Swiss-Prot na anotação de alta qualidade de sequências - 2 horas - Luciane Ciapina PrioliSeção Metagenômica1-Introdução ao estudo de metagenomas - 1 hora - Fernando Gomes Barcellos; 2-Estratégias de abordagem em metagenômica - 1 hora - Fernando Gomes Barcellos;3-Estratégias para a obtenção de DNA metagenômico - 1 hora - Lucymara Fassarella Agnez Lima;4- Construção de bibliotecas metagenômicas e seleção funcional de genes - 1 hora - Lucymara Fassarella Agnez Lima;5-Aplicações das técnicas de sequenciamento de alto desempenho aos estudos de ecologia microbiana e metagenômica - 1 hora - Ricardo Henrique Kruger;6-Estratégia para sequenciamento do genoma dos micro-organismos multicelulares magnetotáticos não cultivados 1 hora - Ulysses Lins;7-Ferramentas de bioinformática aplicadas em análises de sequências metagenômicas - 2 hora - Maurício Egídio Cantão;8-Exploração e prospecção de dados metagenômicos de solos agronômicos argentinos 2 horas - Martín Vazquez. Seção Transcriptômica1-Construção de cDNA para abordagens de RNA-seq 1 hora Dominique Garcia;2-Sequenciamento de transcritomas na plataforma GS FLX 454 - 2 horas Marisa Fabiana Nicolás; 3-Transcriptôma em interação plantaparasito 2 horas Dominique Garcia;Programa de aulas práticas (48 horas-aula)As aulas práticas serão desenvolvidas com aplicações de ferramentas de bioinformática e bancos de dados biológicos para as análises de sequências genômicas, metagenômicas e transcriptômicas. Seção - Aula - Tempo de Exposição DocenteSeção Genômica1-Uso de programas de montagem de sequencias genômicas - 4 horas Luiz Gonzaga de Paula Almeida;2- Criação de grupos de homólogos dom SeedServer - 4 horas Miguel Ortega; 3-Mineração de texto com LAITOR - 4 horas Miguel Ortega; 4-Anotação funcional com UEKO - 4 horas Miguel Ortega;5-Anotação funcional de proteínas usando o banco de dados do Swiss-Prot 4 horas - Luiz Fernando Zuleta;6-Ferramenta para analisar sequências codificadoras conflitantes em genomas procariotos - 4 horas Marisa Fabiana Nicolás e Guadalupe Del Rosario Quispe Saji;7-Ferramenta para anotação comparativa de genes em genomas 4 horas Rangel Celso Souza.Seção Metagenômica1-Introdução ao Sistema Operacional Linux 4 horas Mauricio E. Cantão e Nicholas Costa Barroso Lima;2-Identificação de artefatos e análise de qualidade das sequências metagenômicas 2 horas Mauricio E. Cantão e Nicholas Costa Barroso Lima;3-Megan - Metagenome Analyzer 4 horas Mauricio E. Cantão;4-Exploração de dados metagenômicos com Pyrotags (métricas ecológicas usando ESPRIT, taxonomia - diversidade usando uma versão paralelisada de PANGEA) 2 horas - Santiago Revale;5-Anotação metagenômica em INDEAR - adaptação de JCVI METAREP 2 horas - Santiago Revale.Seção Transcriptômica 1-Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA 3 horas - Daniel Guariz Pinheiro;2-Mapeamento de sequências de cDNA em genoma referência - 3 horas - Daniel Guariz Pinheiro.----------------------------------------------------------------------MECANISMO DE AVALIAÇÃO DOS ALUNOSAs aulas teóricas serão avaliadas com base na apresentação oral de seminários abordando as temáticas discutidas.As aulas práticas serão avaliadas através de um relatório escrito das atividades desenvolvidas e apresentado oralmente através de seminário.------------------------------------------------------------------------------INSCRIÇÕESINSTRUÇÕES PARA CANDIDATOS BRASILEIROS SUBMISSÃO DE INSCRIÇÕES A admissão de interessados em participar do curso CBAB/CABBIO FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS À ANÁLISE DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS, METAGENÔMICAS E TRANSCRIPTÔMICAS é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário: 1- QUE O CANDIDATO preencha e submeta o formulário de inscrição (FORM A), juntamente com o link para o currículo da Plataforma Lattes; 2- QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA PREENCHA E ENVIE o formulário para recomendação (FORM B) DE SEU ENDEREÇO ELETRÔNICO INSTITUCIONAL OU DAQUELE CADASTRADO NO CNPq. As inscrições devem ser encaminhadas á Marisa Fabiana Nicolás: marisa@lncc.br PROCESSO DE SELEÇÃO A seleção de candidatos será realizada pelos organizadores do curso, juntamente com a Diretoria Brasileira da Escola e a Secretária Técnica do CBAB. Durante a seleção, os seguintes critérios serão considerados: -Estrita obediência ao calendário de inscrições; -Atendimento aos requisitos informados no calendário de cursos; -Distribuição geográfica e institucional; -Necessidade de treinamento de recursos humanos em grupos de pesquisa emergentes na área de cada curso; - Atuação profissional do candidato; e -Formação básica e específica, mediante consulta na Plataforma Lattes do CNPq. BENEFÍCIOS CONCEDIDOS Para os alunos selecionados, não residentes na cidade-sede do curso, serão financiados traslado e estadia em quartos duplos ou triplos.INSTRUÇÕES PARA CANDIDATOS ARGENTINOS, URUGUAIOS, PARAGUAIOS E COLOMBIANOS SUBMISSÃO DE INSCRIÇÕES A admissão de interessados em participar do curso CBAB/CABBIO FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS À ANÁLISE DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS, METAGENÔMICAS E TRANSCRIPTÔMICAS é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário: 1- QUE O CANDIDATO preencha e submeta o formulário de inscrição (FORM A), juntamente com uma cópia atualizada do currículo; 2- QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DE GRUPO DE PESQUISA preencha e envie o formulário para recomendação (FORM B) de seu endereço eletrônico institucional. Inscrições para os cursos realizados no Brasil: As inscrições devem ser encaminhadas ao ponto focal do país de origem do candidato: Argentina: MINCyT - cabbio@mincyt.gov.ar Uruguai: PEDECIBA - pedeciba@iibce.edu.uy Paraguai: CONACyT - ciencia@conacyt.org.py Colômbia: COLCIENCIAS - contacto@colciencias.gov.co deve-se obedecer a data-limite informada no site www.colciencias.gov.co. PROCESSO DE SELEÇÃO A seleção de candidatos é realizada pelos pontos focais e leva em conta os seguintes critérios: -Estrita obediência ao calendário de inscrições; -Atendimento aos requisitos informados no calendário de cursos; -Distribuição geográfica e institucional; -Necessidade de treinamento de recursos humanos em grupos de pesquisa emergentes na área de cada curso; -Atuação profissional; e -Formação básica e específica, mediante consulta na Plataforma Lattes do CNPq. Após a seleção, os nomes dos alunos são encaminhados às Secretárias Técnicas Brasileira e Argentina. BENEFÍCIOS CONCEDIDOS Para os alunos selecionados não residentes na cidade-sede do curso, o Governo Brasileiro financia a estadia em quartos duplos ou triplos.
Data Início: 04/07/2011 Data Fim: 15/07/2011
Coordenadores: Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br
Comitê Organizador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - atrv@lncc.br Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br Mauricio Egidio Cantão - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC -
Instituições Envolvidas: Laboratório Nacional de Computação Científica
Local: Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Endereço: Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha - Petrópolis - Rio de Janeiro - Brasil
Telefone: 24 22336264
Contato: Marisa Fabiana Nicolas - marisa@lncc.br
Secretaria: Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
