EVENTO
Abordagem Computacional para Deteção e Análise de Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) em Genomas Bacterianos.
Tipo de evento: Defesa de Dissertação de Mestrado
Nucleotídeos de Polimorfismo Único, SNP, são frequentes e podem ser responsáveis por diferentes fenótipos. A atenção em torno deste tipo de polimorfismo se intensificou quando se descobriu, através do projeto de sequenciamento do genoma humano, que eram responsáveis pela maior parte da variabilidade genética (90%) entre genomas humanos completos comparados. Com isso apresentando uma frequência de ocorrência de 1 SNP em intervalos de 1.000-2.000pb. Recentemente vários estudos se concentraram na detecção desse tipo de polimorfismo em genomas bacterianos para uso em tipagem de estirpes e reconstrução de filogenia, por exemplo. Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de detecção e filtragem de SNPs para genomas bacterianos visando a análise da prevalência desse tipo de polimorfismo. A metodologia envolve o uso de algoritmos de alinhamento de sequência e filtro desenvolvidos na linguagem de programação PERL para a detecção e filtragem de SNPs com a finalidade de se obter um conjunto final confiável. A ocorrência de SNPs se encaixa no conceito de distribuição de probabilidade de Poisson por serem eventos que ocorrem em um intervalo, nesse caso, sequências codificantes. Dentro deste contexto, também foi calculada a frequência esperada de SNPs para cada caso estudado usando uma distribuição de probabilidade de Poisson. SNPs que excedem a frequência esperada podem estar sujeitos a pressão seletiva diferenciada. A metodologia foi testada e avaliada para genomas em cinco gêneros da família Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella e Yersinia) e utilizada para o estudo de caso de Klebsiella pneumoniae str. Kp13, causadora de infecção nosocomial. A metodologia se provou capaz de detectar e filtrar SNPs em diferentes espécies da família Enterobacteriaceae em concordância com dados já publicados. Para as 4 estirpes Klebsiella pneumoniae foi observada a ocorrência desse tipo de polimorfismo entre as estirpes comparadas. Desta maneira, sequências codificantes com um número SNPs maior que a frequência esperada, obtida com a distribuição de probabilidade de Poisson, foram investigadas para averiguação da sua possível associação com o estilo de vida bacteriano.
Data Início: 01/12/2011 Hora: 09:00 Data Fim: 01/12/2011 Hora: 12:00
Local: LNCC - Laboratório Nacional de Computação Ciêntifica - Auditorio A
Aluno: Nicholas Costa Barroso Lima - LNCC - LNCC
Orientador: Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Participante Banca Examinadora: Fabio Andre Machado Porto - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC Renata Cristina Picão - UFRJ - UFRJ
Suplente Banca Examinadora: Agnes Marie de Sá Figueiredo - UFRJ - UFRJ Luciane Prioli Ciapina - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC